События игры развиваются параллельно с Sniper Elite 5, Гарри Хоукер, агент Управления специальных операций (SOE), впервые берет на себя роль лидера, обнаруживая нечто настолько мощное, что гарантирует нацистам победу в войне. Теперь он в одиночку должен уничтожить это оружие.