Deadzone: Rogue переносит игрока в сердце космического корабля ISS-X, затерянного в глубинах вселенной. Проснувшись без памяти, главный герой сталкивается с армией враждебных машин. Он вынужден сражаться от первого лица в различных отсеках корабля — от машинных залов до тюремных камер. Выживание зависит от умения перемещаться по этим опасным локациям и противостоять многочисленным механическим противникам.

Игровой процесс строится на повторяющихся циклах: бой, гибель, возрождение и новые попытки. Это типичная структура для жанра роуглайт. Каждый заход на корабль предлагает новое снаряжение и встречи с различными врагами: дронами-охотниками, роботами-пауками, безмозглыми существами и десятками других типов машин. Для победы над крупными биомеханическими боссами требуются особые навыки и быстрая реакция.

С каждым прохождением игрок становится сильнее, что помогает ему справляться с новыми вызовами внутри враждебного судна. Боевая система позволяет управлять арсеналом из более чем 30 базовых орудий. Каждое оружие можно модифицировать с помощью стихийных эффектов и различных улучшений. Например, дробовик можно превратить в мощный инструмент для контроля толпы с помощью энергии пустоты, а пистолет-пулемет — в ледяное оружие для зачистки помещений. Доступное вооружение, включая плазменные пушки и снайперские винтовки, делает игру гибкой и позволяет адаптироваться к разным ситуациям.