Знаменитые сантехники Марио и Луиджи отправляются в захватывающее морское путешествие. Покинув знакомые земли Грибного королевства, они поднимают паруса своего корабля и устремляются навстречу неизведанным островам и таинственным берегам.

Игрокам предстоит взять на себя роль капитана, умело маневрируя между живописными архипелагами, разгадывая морские загадки и сражаясь с пиратами, скрывающимися в глубинах океана. Главной особенностью игрового процесса является механика «братской связи» — чем лучше игроки координируют действия Марио и Луиджи, тем более эффективными становятся их совместные атаки и специальные приёмы.

По мере продвижения по сюжету, братья будут встречать как новых персонажей, так и старых знакомых. Каждая встреча не только обогащает историю, но и открывает новые горизонты для геймплея — уникальные задания, специальные способности, которые можно использовать как в бою, так и при исследовании окружающего мира.