Honeycomb – это сложное выживание, в котором игроку предстоит постоянно идти на риск, чтобы собрать образцы растений или биоматериалы местных обитателей. Все это нужно для исследования их генов и дальнейшей перестройки, для образования мутаций и получения новых видов любыми способами. Поведение местной флоры и фауны предугадать сложно, так как она совсем не изучена и даже безобидная на первый взгляд лягушка может обладать ядовито смертельными касаниями.

Земля находится на грани гибели из-за исчезновения диких пчел. Некоторым они могут показаться не слишком полезными для природы, но они выполняют очень важную функцию опыления. Поэтому, когда их не стало, наступил кризис и растения начали постепенно погибать. Чтобы найти решение этой проблеме, было принято решение отправить лучших биоинженеров на другие проблемы в поисках схожих и при этом безопасных видов насекомых или возможно самостоятельного выведения аналога. Протагонисту достается очень красивая местность, похожая на тропики, которая населена подобием тигров, змей, жаб и других привычных человеку существ. В этом месте герой будет совершенно один, так как столь опытных специалистов слишком мало и ему не могут дать никого в напарники. Но это также значительно усложняет ситуацию, так как на помощь звать также некого.

Игроку Хонейкомб предстоит построить исследовательскую базу из материалов, найденных поблизости и постоянно проводить эксперименты над найденными образцами. Процесс мутации может оказаться плачевным или создать опасное и агрессивное существо, но новые открытия дают уникальные чертежи, а также шансы на успешность операции. Но стоит всегда оставаться осторожным и при этом обеспечить себя жизненно важными ресурсами для комфорта.